Преподаватели


Самсонова Мария Георгиевна

д.б.н
Профессор кафедры «Прикладная математика»

Научные интересы

  • Mатематическaя и системнaя биология, биоинформатика.
  • Математические модели биологических процессов.
  • Методы и алгоритмы обработки данных молекулярно‒биологических экспериментов.

Отличия

  • 1999. Первая премия SGI за лучший доклад на конференции ISMB’99
  • 2012. Премия СПбГПУ “Ученый года”

Гранты и контракты

  • 01/2014-12/2016. Руководитель работ “Разработка методов системной биологии для анализа механизмов везикулярного транспорта биологических комплексов с сигнальными функциями”. Министерство образования и науки РФ, проектная часть госзадания, контракт №1.1422.2014
  • 01/2014-12/2016. Соруководитель работ “Системная биология и биоинформатика”. Грант по программе 5‒100‒2020, Министерство образования и науки РФ (совместно с Сергеем Нуждиным, Университет Южной Калифорнии, США)
  • 01/2014-12/2016. Руководитель работ “Влияние генетической вариабельности на динамику экспрессии генов сегментации у дрозофилы”. Грант РНФ, 14-14-00302
  • 01/2014-12/2016. Руководитель работ “Динамическая интерпретация материнских градиентов при формировании сегментного препаттерна”. Грант РФФИ, 14-04-01522
  • 11/2010-03/2015. Руководитель работ “New Algorithms for Host Pathogen Systems Biology" (SysPatho). Грант FP7 EC, HEALTH-F5-2010-260429
  • 2011-2013. Руководитель работ «Механизм формирования сегментного препаттерна у плодовой мушки дрозофилы». Грант РФФИ 11-04-001162
  • 2011-2013. Руководитель работ. Госконтракт № 11.519.11.6041, ФЦНТП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники», тема «Изучение механизмов функционирования репликона вируса гепатита C в клетке хозяина методами системной биологии»
  • 2010-2012. Руководитель работ. Госконтракт № 14.740.11.0166, ФЦНТП «Кадры» тема «Изучение механизмов устойчивости развития в морфогенетическом поле детерминации сегментов» МинОбрНауки РФ для создания Научно-образовательного центра по математической системной биологии
  • 2008-2010. Руководитель работ «Изучение механизмов устойчивости развития в морфогенетическом поле сегментации». Грант РФФИ 08-04-00712
  • 2004-2011. Руководитель работ “Физиологическая модель регуляции гена». Грант R01 RR07801 Институт здоровья СШA
  • 2005-2008. Соруководитель работ. Грант РФФИ - НВО (Академия наук Нидерландов) 047.011.2004.013 (РФФИ 05-01-89004-НВО_а) "Моделирование и разработка регуляторных сетей развития"
  • 1999-2003. Руководитель работ. Грант EC IST-1999-11009 ESTEDI "European Spatio-Temporal Data Infrastructure for High-Performance Computing".
  • 1999-2002. Руководитель работ. Грант FIRCA NIH RO3 TW01147 (США) “Dynamics of segmentation gene expression in Drosophila”
  • 1999-2002. Руководитель работ. NATO Collaborative Linkage Grant LST 975850 “Dynamics of Segment Determination in Drosophila”
  • 1998-1999. Руководитель работ. Грант РФФИ “Разработка GenStrain, базы данных Петергофской генетической коллекции дрожжей”

Список патентов

  • Писарев А.С., Самсонова М.Г. Программных комплекс для системного анализа популяции биологических объектов по траекториям движения. Свидетельство о гос. регистрации ПрЭВМ № 2015611151 от 26 января 2015 г.
  • Козлов К.Н., Самсонов А.М., Самсонова М.Г. Библиотека программ ППРЭ (DEEP). Свидетельство о гос. регистрации ПрЭВМ № 2013611143 от 16 ноября 2012, http://urchin.spbcas.ru/trac/DEEP
  • Козлов К.Н., Писарев А.С., Самсонова М.Г. Программное обеспечение для анализа экспериментальных данных — изображений био- и нано- объектов «ProStack». Свидетельство о гос. регистрации ПрЭВМ № 2009611452 от 16 марта 2009 г., http://urchin.spbcas.ru/trac/ProStack
  • Писарев А.С., Самсонова М.Г., Суркова С.Ю. База данных FlyEx. Свидетельство о гос. регистрации ПрЭВМ № 2011620275 от 13 апреля 2011 г, http://urchin.spbcas.ru/flyex

Работа в научных журналах

  • Journal of Integrative Bioinformatics, член редакционного совета, Scopus, http://journal.imbio.de/
  • Математическая биология и биоинформатика, член редакционного совета, ВАК, http://www.matbio.org/redcoll.php

Научно‒организационная работа

  • Член НТС и эксперт теxнологической платформы «Медицина будущего».
  • Член научного совета РАН по математической биологии и биоинформатики http://www.jcbi.ru/bio/s3.shtml
  • Член German-Russian network on Bioinformatics http://www.bionet.nsc.ru/virtual_network/

Руководство кандидатскими диссертациями

  • Козлов К. Н. Реконструкция регуляторной сети генов сегментации в эмбрионе дрозофилы по экспериментальным изображениям картин активности генов. Защищена в 2013 г.
  • Суркова С. Ю. Анализ динамики и вариабельности экспрессии генов сегментации у эмбрионов дрозофилы дикого типа и мутантных по генам gap. Защищена в 2014 г.

Лекционные курсы, семинары и поддержка НИРС


Руководство дипломными и выпускными работами

NСтудентГруппаКвалификация / СтепеньГодТема
1.Плеханова Елена Сергеевна63601/4 Магистр 2017 Использование Transfer learning для выявления вредных мутаций в белках млекопитающих 
2.Терских Анастасия Владимировна63601/4 Магистр 2015 Анализ мутанционного ландшафта пациентов с хроническим миелейкозом 
3.Андреев Станислав Андреевич63601/4 Магистр 2014 Математическое моделирование сети генов гэп в дрозофиле в условиях изменчивости материнских факторов 
4.Иголкина Анна Андреевна63601/4 Магистр 2014 Разработка метода предсказания процентного содержания типов клеток в образцах крови человека 

Основные публикации

 
Статьи
NАвторыНазваниеИзданиеГод
1.Kozlov K.N., Samsonov A.M., Samsonova M. A software for parameter optimization with Differential Evolution Entirely Parallel methodPeerJ Computer Science 2:e74 https://doi.org/10.7717/peerj-cs.74 2016 
2.Demidov, G.M., Samsonova, M.G., Gursky, V.V. A stochastic model of the formation of the molecular configuration of an enhancer site Biophysics (Russian Federation), 61 (1), pp. 34-42. 2016 
3.Surkova, S.Y., Golubkova, E.V., Mamon, L.A., Samsonova, M.G. Morphogenetic networks which determine the spatial expression of zygotic genes in early Drosophila embryoRussian Journal of Developmental Biology, 47 (4), pp. 181-189.  2016 
4.Lavrik, I.N., Samsonova, M.G. The systems biology of signaling pathwaysBiophysics (Russian Federation), 61 (1), pp. 78-84.  2016 
5.Суркова С.Ю., Голубкова Е.В., Мамон Л.А., Самсонова М.Г. Морфогенетические сети, определяющие пространственную экспрессию зиготических генов в раннем эмбрионе ДрозофилыОнтогенез. Т. 47. № 4. С. 219-228 2016 
6.Лаврик И.Н., Самсонова М.Г.  Системная биология сетей передачи сигналаБиофизика. Т. 61. № 1. С. 93-101 2016 
7.Демидов Г.М., Самсонова М.Г., Гурский В.В. Стохастическая модель формирования молекулярных конфигураций ЭнхансераБиофизика. Т. 61. № 1. С. 40-49 2016 
8.Kozlov K., Gursky V., Kulakovskiy I., Dymova A., Samsonova M. Analysis of Functional Importance of Binding Sites in the Drosophila Gap Gene Network Model BMC Genomics, 16, Suppl 13: s7, 2015 2015 
9.Andreev S.A., Samsonova M.G., Gursky V.V. Modeling of the Drosophila gap-gene network with the variation of the Bcd morphogenBiophysics , Volume 60, Issue 2, pp.173-180 2015 
10.Duk M.A., Samsonov A.M., Samsonova M.G.  The dynamics of a feed-forward loop depends on the regulator type in its indirect pathwayBiophysics , Volume 60, Issue 2, pp.163-172 2015 
11.Дук М.А., Самсонов А.М., Самсонова М.Г.  Динамика контуров с упреждением с разным вторым регулятором - миРНК или транскрипционным фактором - говорит о различии их роли в клетке Биофизика, том 60, вып. 2, c.213–224  2015 
12.Козлов К.Н., Самсонов А.М., Самсонова М.Г.  Метод полностью параллельной разностной эволюции для адаптации моделей в системной биологии Биофизика, том 60, вып. 6, с.1219-1220  2015 
13.Андреев С.А., Самсонова М.Г., Гурский В.В.  Моделиpование cети генов gap в дpозофиле в уcловияx изменчивоcти моpфогена bicoid Биофизика, том 60, с.225-233  2015 
14.Демидов Г.М., Самсонова М.Г., Гурский В.В. Стохастическая модель формирования молекулярных конфигураций энхансера Биофизика, том 61, вып.1, с.40-49  2015 
15.Писарев A.C., Руколайне С.А., Самсонов А.М., Самсонова М.Г. Численный анализ траекторий частиц в живых клетках в условиях неопределенностиБиофизика, том 60, вып. 5, с. 981-989  2015 
16.Ivanisenko N.V., Mishchenko E.L., Akberdin I.R., Demenkov P.S., Likhoshvai V.A., Kozlov K.N., Todorov D.I., Gursky V.V., Samsonova M.G., Samsonov A.M., Clausznitzer D., Kaderali L., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A. A new stochastic model for subgenomic hepatitis C virus replication considers drug resistant mutants PLoS One. 2014 Mar 18;9(3):e91502 2014 
17.Duk M.A., Samsonova M.G, Samsonov A.M. Dynamics of miRNA driven feed-forward loop depends upon miRNA action mechanisms
http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/S12/S9
BMC Genomics, 2014, 15(Suppl 12):S9 , Published 19/12/2014 2014 
18.Kozlov K., Gursky V., Kulakovsky I., Samsonova M. Sequence-Based Model of Gap Gene Regulatory NetworkBMC Genomics 2014,15(Suppl 12):S6 BMC Genomics 2014, 15(Suppl 12):S6 2014 
19.Kozlov,K; Ivanisenko,N; Ivanisenko,V; Kolchanov,N; Samsonova,M; Samsonov,AM. Enhanced differential evolution entirely parallel method for biomedical applicationsLect. Notes Comput. Sci., vol. 7979, Springer, Berlin, p. 409-416 2013 
20.Janssens H, Crombach A, Richard Wotton K, Cicin-Sain D, Surkova S, Lu Lim C, Samsonova M, Akam M, Jaeger J. Lack of tailless leads to an increase in expression variability in Drosophila embryosDev Biol., doi:pii: S0012-1606(13)00015-8. 10.1016/j.ydbio.2013.01.010 2013 
21.Duk, M.; Samsonov, A.; Samsonova, M. MicroRNA determines the early stage dynamics of the regulation networkFEBS Journal, v. 280,  Suppl. 1, p. 565 2013 
22.Surkova S, Myasnikova E, Kozlov KN, Pisarev A, Reinitz J, Samsonova M.  Preparation of Drosophila embryos for quantitative imaging of gene expressionCold Spring Harb Protoc. 2013 Jun 1, (6):533-6. doi: 10.1101/pdb.prot075093 2013 
23.Surkova S, Golubkova E, Manu, Panok L, Mamon L, Reinitz J, Samsonova M Quantitative dynamics and increased variability of segmentation gene expression in the Drosophila Kruppel and knirps mutantsDev Biol., 376: 99-112. DOI: 10.1016/j.ydbio.2013.01.008 2013 
24.Surkova S, Myasnikova E, Kozlov KN, Pisarev A, Reinitz J, Samsonova M. Quantitative imaging of gene expression in Drosophila embryosCold Spring Harb Protoc. 2013 Jun 1, (6):488-97. doi: 10.1101/pdb.top075101 2013 
25.Пиcаpев А.C., Cамcонова М.Г. Метод pешения многокpитеpиальныx обpатныx задач в уcловияx неопpеделенноcтиБиофизика, том 58, вып. 2, c. 221–232 2013 
26.Cамcонова М.Г., Cамcонов А.М. и др.  Репликация субгеномного репликона  вируса гепатита C в присутствии ингибиторов NS3-протеазы: стохастическая  модельБиофизика, том 58, вып. 5, c. 758–774.  2013 
 
Доклады, тезисы и материалы конференций
NАвторыНазваниеИзданиеГод
1.Samsonova M. Sequence-based model of gap gene regulatory networkTalk at the SCS colloquium, University of Amsterdam, 24 April 2015, устное выступление 2015 
2.Samsonova M. Sequence-based model of the Drosophila gap gene network and its application for analysis of polymorphism in the regulatory sequence ASBMB special symposia «Evolution and Core Processes in Gene Regulation», Washington University in St.Louis, USA, 23 - 28 June 2015, устное выступление 2015 
3.Samsonova M. Dynamics of miRNA-driven feed-forward loop depends upon miRNA action mechanisms2014 International German Russian Workshop on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation.A satellite meeting of the International Conference of Integrative Bioinformatics , June 2nd to 3rd, 2014 Bielefeld, Germany 2014 
4.Samsonov A. M., Duk M. A., Samsonova M. G. Early stage dynamics of miRNA-driven FFL depends upon miRNA action9th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology ECMTB 2014, 14-21 июля 2014, Гетеборг, Швеция 2014 
5.Igolkina A.A., Samsonova M.G Method to predict the percentage of cell types in human bloodIn Proceedings of the 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure.Systems Biology (BGRS\SB’2014), Novosibirsk,Russia, 23-28 June 2014 
6.Samsonova M. Sequence-based model of gap gene regulatory networkNETTAB 2014, Турин, Италия, 15-17 октября 2014 
7.Ivanisenko N.V., Mischenko E.L.,Akberdin I.R., Demenkov P.S., Likhoshvai V.A., Samsonov A.M., Kozlov K.N., Todorov D.I., Gursky V.V., Samsonova M.G., Clausnitzer D., Kaderali L., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A. The intracellular molecular mechanisms for HCV drug resistance emergenceIV Международная научно-практическая конференция “Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине”Казань, Россия, 29 октября - 1 ноября 2014 
8.Samsonov A.M., Duk M., Samsonova M. The miRNA Action Mechanism Defines Dynamics and Noise Buffering in Feed Forward LoopsNETTAB 2014, Turin, Italy.  4 pp, October 15-17 2014 
9.Писарев А.С., Самсонова М. Компьютерный анализ и моделирование траекторий движения частиц в живой клеткеIV Международная научно-практическая конференция “Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине”Казань, Россия, 29 октября - 1 ноября 2014 2014 
10.Иголкина А.А., Самсонова М.Г. Метод предсказания процентного содержания типов клеток в образцах крови человекаIV Международная научно-практическая конференция “Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине”Казань, Россия, 29 октября - 1 ноября 2014 2014 
11.Duk M.A., Samsonov A.M., Samsonova M.G. Early stage dynamics modeling of the feed-forward loops with miRNADays on Diffraction- 2013, Annual Intern. conf. , St.Petersburg, Russia, 27/05-31/05/2013, Abstracts book, p.26. 2013 
12.Duk M.A., Samsonov A.M., Samsonova M.G. Early stage dynamics modeling of the feed-forward loops with miRNAProceedings DD-2013, IEEE Publ., ISBN 978-1-4799-1037-3, pp.42-47 2013 
13.Duk M. A., Samsonov A.M., Samsonova M.G. microRNA determines the early stage dynamics of the regulation networkIntern. Symp. on Integrative Bioinformatics 2013, 18-20.03.2013, IPK-Gatersleben, Germany 2013 
14.Duk, M.; Samsonov, A.; Samsonova, M.  MicroRNA determines the early stage dynamics of the regulation network38th Congress of the Federation-of-European-Biochemical-Societies (FEBS), Saint Petersburg, Russia, Jul 06-11, 2013 2013